Disiplin soruşturması; disipline konu eylemin ilgili amir tarafında öğrenilmesi ile başlamaktadır. Bu sürece muhakkik atanması da denilmektedir. Soruşturmada ilgili görevlinin savunmasının alınması, delillerin toplanması, tanıkların dinlenmesi ile süreç tamamlanır ve rapor hazırlanır. Raporun onaylanması ile ilgili görevli hakkında ceza verilmemesine veya ceza verilmesine karar verilir.